Masjid Nahdlatul Ulama (NU) Prapatan mengalami berbagai perkembangan dan pertumbuhan sejak dari Gedung NU, menjadi Langgar NU, kemudian Musholla NU hingga menjadi Masjid NU. Sesuai dengan namanya, Masjid NU beraliran Ahlussunnah wal Jama'ah dengan pendekatan Visi yang dibawa oleh K.H. Hasyim Asy’ari, K. H. Wahab Hasbullah, K.H. Bisri Syansuri, dan para ulama lainnya. NU selalu mengedepankan ajaran ke-Tauhid-an terhadap Allah SWT dengan mengikuti empat Mahdzab dan mengedepankan karakteristik dan pemikiran kezuhudan jalan tasawuf dan sufi.